Claude 自主發現未知酶系統,Anthropic 開設生物實驗室
Anthropic 9 月 23 日公布,Claude 在噬菌體的 DNA 中找到一組過去沒有被描述過的酶系統,旁邊伴隨一段長串重複的 DNA,排列方式讓人聯想到 CRISPR。這個系統的功能目前還不知道,Anthropic 同時揭露它在今年春天成立了生命科學研究團隊與自己的實驗室。
950 個代理跑 21 小時,從 20 萬個反轉錄酶篩到 20 個候選
Anthropic 說,人類的參與只有最初的提示詞和後續的實驗室工作。研究人員給 Claude 一段提示,要它在龐大的 DNA 序列資料庫中尋找有意思的反轉錄酶(reverse transcriptase,一種把 RNA 複製成 DNA 的酶),接下來由 Claude 代理自己判斷。
公告寫出了規模:約 950 個代理花了 21 小時、用掉 2.1 億個 token 搜尋這批資料。代理總共蒐集超過 20 萬個反轉錄酶,挑出 3,500 個新的候選系統,再收斂到 20 個最值得分析的對象,並為每一個寫出人類看得懂的報告。Anthropic 表示,同樣的分析對一位專業科學家來說可能要花上數週到數月。
Anthropic 把這個系統命名為 array-associated reverse transcriptases(ART),主要出現在噬菌體,也就是感染細菌的病毒。它由三個部分組成:反轉錄酶本身、旁邊的一個夥伴基因,以及一長串間隔平均的 DNA 重複序列。
Claude 當下的反應被寫進公告:「這個重複陣列很驚人」
公告保留了代理發現當下留下的文字。當它在檢視反轉錄酶附近的原始 DNA 序列時寫道:「(反轉錄酶旁邊的這段 DNA)很驚人:我用肉眼就能看到一個串聯重複陣列⋯⋯那是類似 CRISPR 的⋯⋯重複陣列?!」
Anthropic 描述,接下來它的行為跟人類科學家遇到疑似發現時差不多:數重複的次數、量測間距、和已知的反轉錄酶系統比對排列方式,再去搜尋文獻確認有沒有人報告過同樣的模式,最後判定自己找到新的生物系統,提交報告給人類審查。
CRISPR 先驅張鋒:值得進一步研究
麻省理工學院與布洛德研究所教授、CRISPR 基因編輯的開拓者之一張鋒在看過預印本後表示:「這是 AI 代理能對生物學發現做出貢獻的一個令人振奮的例子。與反轉錄酶相關的 RNA 重複陣列的發現確實引人入勝,值得進一步研究。我希望這份工作能鼓勵更多科學家探索 AI 如何支援他們的研究。」
Anthropic 引述的是評語,不是背書式的結論。張鋒說的是值得研究,而不是說這個系統已經有用。
要注意的兩件事:酶本身不是新的,功能也還不知道
Anthropic 在公告中自己寫明,ART 底下的這個反轉錄酶存在於一種巨型噬菌體,先前的研究已經識別出來過;Claude 看起來是第一個注意到這個系統的關鍵特徵,也就是與它相關的非編碼 DNA 序列陣列,以及一個功能未知的額外輔助蛋白。換句話說,新的是這個組合與它代表的系統,不是這個酶。
功能同樣還沒有答案。Anthropic 說,具備這組特徵的已知系統只有少數幾個,而那些系統都能夠剪下、複製與貼上 DNA,但 ART 實際上在做什麼仍在實驗中。目前的初步實驗顯示,ART 的重複陣列會被表現成一組不同的短 RNA,暗示可能有類似的機制在運作。Anthropic 已經釋出預印本。
實驗室開在灣區,所有實驗都由人類科學家執行
Anthropic 說這個團隊在今年春天成立,目的是測試通用 AI 模型能不能把這類發現系統化並加速。實驗室位於灣區,外觀就是一間典型的分子生物實驗室,研究只涉及生物安全風險的第一與第二等級,不處理會感染人類的病原體,而且所有的實驗室工作都由人類科學家執行。
工作流程方面,Claude 會先讀文獻、用公開資料重現已確立的結果來檢查自己的方法,再去尋找不符合任何已描述系統的家族成員或基因體鄰居,為每個候選寫報告並提出功能假說;後續分析中 Claude 會批判性地評估證據,大多數候選在這一關就被淘汰。Anthropic 說,一次調查可能只剩下一個值得測試的候選,也可能一個都不剩。團隊使用的是 Claude Science 與 Claude Code,和其他科學家拿得到的工具相同,有時再加上自己寫的、協調多個 Claude 並行的框架。
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